[Pathway Tools] Bulk update of PGDB

https://pathwaytools.blogspot.com/2016/06/bulk-updates-to-your-pgdb.html

Bulk Updates to Your PGDB

참고로 위 블로그 내용은 하나도 도움되지 않는다. 어떻게 해도 spread sheet form 으로 export & import 하면 100% 꼬임!! 절대 시도하지 말것.

 

---

1. Smart Table 만들기

여러 Reaction을 하나하나 smart table에 추가하기는 힘들다.

만약 Reaction에 대한 MetaCyc Reaction ID 목록이 있다면 여러 Reaction을 Smart Table에 한번에 추가할 수 있다.

(MetaCyc Reaction ID 없으면 하나하나 추가해야함.. 특히 KEGG 에서 infer 된 reaction들. 물론 MetaCyc => KEGG 바꿔주는 사이트 있지만 RAVEN 에서 이미 바꿀 수 있는 건 바꿔서 나오기 때문에 의미 없음)

 

Reaction 목록 넣자마자 Notification 뜨긴 하는데 Warning 뜨는 애들 제외한 나머지는 추가된다.

2. Export & Import Smart Table 

 

• MetaCyc PGDB로부터 Target PGDB에 추가하고 싶은 Smart Table을 우클릭 (Smart Table의 PGDB가 추출하려는 PGDB와 같아야함!!) (Fig. 1)

Fig. 1

Fig. 2a, 2b

 

• Smart Table 제목 우클릭  →  [Export Smart Table] → [Add Ojbect to File Export List] (Fig. 2a)
  • Fig. 2b 처럼 해도 상관 없음
• [File]  →  [Export]  →  [Selected Objects to Lisp-format file]

• 만약 Selected Objects 가 비어있다면 Fig. 1 조건이 충족 안된 것임
• Export Enzymes and Genes 는 만약 MetaCyc => 다른 PGDB 로 옮기려는 것이면 "NO" (위에 설명 있음)

• 이제 다른 PGDB로 이동해서 export 한 lisp file import 하면 된다. 

3. Updated gene association to added reactions

4. Update PGDB

 

새로운 Reaction 을 가져와서 PGDB가 업데이트 되었으니 Pathway Tools 의 Pathologic (Ctrl + T) 을 이용해서 [Refine] 탭을 이용해 PGDB refine 진행해야 함.