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목록미생물학 연구 시야넓히기 (미연시) (24)
워라밸 중독자
ClusterMaker2: Cytoscape app으로 어떤 데이터로 만든 network건 상관 없이 cluster를 만들어준다. MCL 기능 쓸만한듯. clusterMaker2: Creating and Visualizing Cytoscape ClustersclusterMaker2: Creating and Visualizing Cytoscape Clusters Figure 1. clusterMaker2 in action. In this screenshot, the yeast protein-protein interaction network from Collins, et al. (2007a) has been clustered using MCL. A yeast expression data set from Ga..
원인: R 같은 프로그램에서 figure를 pdf로 출력하면 텍스트의 x축 위치를 각각 다 지정해주기 때문Relative abundance (Color) Relative abundance (Color) 해결: 정규표현식으로 고친다. 1. SVG 파일을 Notepad++ 로 연다2. 찾을내용: (]*\bx="[^"\s]+)\s[^"]+3. 바꿀내용: \1 끝!추가로 폰트 사이즈 및 폰트 일괄 변경하는 정규 표현식font-size:\s*[^;]+font-family:\s*[^;]+
Tips한 문장에 하나의 아이디어같은 아이디어가 여러 문장에 흩어져 있으면 가깝게 모은다여러 아이디어가 하나의 문장에 있으면 자른다새로운 용어 막 튀어나오는데 쉼표로 꾸겨넣지 말기다음 문장에 예시를 들어 자세히 설명하는게 나을수도 있음모든 문단은 두괄식으로첫번째 문장은해당 문단의 내용을 다 포함해야함Introduction의 첫 문장용어 정의앞 문단의 맨 뒷 문장을 이어받아야함Results의 첫 문장해당 실험 왜 했는지간단히 M&M 소개Figure/Table에 대한 전반적인 결과 설명 (총 몇개인지) TipsIntroduction제목에 있는 단어를 각 문단에서 정의한다는 생각으로 써라 (발표 자료도 마찬가지!)e.g.) Robustness of microbiome function to environment..

https://www.aje.com/arc/writing-effective-figure-legend/ Writing an Effective Figure Legend | AJEFigures are instrumental for conveying your results but may be inscrutable without an effective legend. Although standards for writing legends vary from journal to journal, there are a few common principles that may help to ensure clarity. Overall, the conwww.aje.com 과거형완료된 실험을 기술할 때 사용예: "US6-expres..
https://prompts.chat/ [General Prompt for Shortening Academic Writing]Shorten the following thesis statement, make it stronger, be accurate, leave citations as it is, and include the most important information, while preserving the original meaning and intent of the text. Provide the improved version in English. [General Prompt for Revising Academic Writing]Assume the role of an academic editor..

https://pathwaytools.blogspot.com/2016/06/bulk-updates-to-your-pgdb.html Bulk Updates to Your PGDBOne question that we frequently receive is about how to apply bulk updates to a PGDB. This kind of situation can come about for several reas...pathwaytools.blogspot.com참고로 위 블로그 내용은 하나도 도움되지 않는다. 어떻게 해도 spread sheet form 으로 export & import 하면 100% 꼬임!! 절대 시도하지 말것. 1. Smart Table 만들기여러 Reaction을 하나하나..
하나의 phylogenetic tree를 쪼개서 subtree 116개가 나왔는데 각 subtree의 시퀀스 개수는 평균 427.65 이다. 이것의 분산을 나타낼때 모집단의 표준편차를 사용해야할까 표본집단의 표준편차를 사용해야할까? 이 경우에는 모집단의 표준편차를 사용하는 것이 적절합니다. 이유는 다음과 같습니다:모집단과 표본집단의 정의:모집단: 연구 대상 전체를 말합니다. 이 경우에는 전체 116개의 subtree가 모집단입니다.표본집단: 모집단에서 추출한 일부를 의미합니다.연구 목적:당신이 이미 모든 subtree (총 116개)에 대한 시퀀스 개수를 알고 있고, 이들이 전체 연구 대상(즉, 모집단)입니다. 따라서, 이 데이터는 특정 모집단에 대한 완전한 정보입니다.표본편차와 모집단편차의 차이:표본편..
https://syj9700.tistory.com/6 다중검정(multiple testing)의 문제 Note) 다중 비교(Multiple comparison), 다중 검정(Multiple testing), 사후 분석(Post-Hoc)이 같은 의미로 통용되고 있지만, 사실 이는 같은 것이 아니다 ! 1. 다중 검정 다중 검정은 여러 개의 가설검정을 동시에 syj9700.tistory.com
https://blog.naver.com/jinp7/222358154129 WGCNA 개요 WGCNA는 꽤 오래전에 나온 패키지고 아직도 많이 사용되는듯 하다. Co-expression network reconstru... blog.naver.com
Linux system에서 설치는 아래 블로그 참고 1000genome 데이터 다운 받는 법 with Aspera(ascp), Linux 1. linux용 IBM aspera connect 설치 https://www.ibm.com/aspera/connect/ 에 방문한 뒤 cd ~ wget https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/downloads/connect/latest/bin/ibm-aspera-connect_4.1.0.46_linux.tar.gz tar -xvf ibm-aspera-connect_4.1.0.46_linux.sh. bioinfo-bme.tistory.com 설치 후 아래 코드 실행 for ((i=0; i