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nature communications 투고 준비 중 정리해봄 설명Supplementary information에 포함제출 필수본문 인용분량Supplementary Table 작은 표OO필수A4 1페이지 이내Supplementary Data큰 표 (or executable format)X, 각각 따로 파일 제출. legend는 cover letter에 쓴다O필수무제한Source DataFigure 만드는데 사용한 raw dataX, 표 하나에 모아서 제출(각 sheet 제목을 Figure 2b 이런식으로)X, but 리뷰 과정 중 요청할 수 있음단순히 Figure legend 아래에 "Source data are provided with this figure."무제한
ClusterMaker2: Cytoscape app으로 어떤 데이터로 만든 network건 상관 없이 cluster를 만들어준다. MCL 기능 쓸만한듯. clusterMaker2: Creating and Visualizing Cytoscape ClustersclusterMaker2: Creating and Visualizing Cytoscape Clusters Figure 1. clusterMaker2 in action. In this screenshot, the yeast protein-protein interaction network from Collins, et al. (2007a) has been clustered using MCL. A yeast expression data set from Ga..
원인: R 같은 프로그램에서 figure를 pdf로 출력하면 텍스트의 x축 위치를 각각 다 지정해주기 때문Relative abundance (Color) Relative abundance (Color) 해결: 정규표현식으로 고친다. 1. SVG 파일을 Notepad++ 로 연다2. 찾을내용: (]*\bx="[^"\s]+)\s[^"]+3. 바꿀내용: \1 끝!추가로 폰트 사이즈 및 폰트 일괄 변경하는 정규 표현식font-size:\s*[^;]+font-family:\s*[^;]+

https://www.aje.com/arc/writing-effective-figure-legend/ Writing an Effective Figure Legend | AJEFigures are instrumental for conveying your results but may be inscrutable without an effective legend. Although standards for writing legends vary from journal to journal, there are a few common principles that may help to ensure clarity. Overall, the conwww.aje.com 과거형완료된 실험을 기술할 때 사용예: "US6-expres..
https://prompts.chat/ [General Prompt for Shortening Academic Writing]Shorten the following thesis statement, make it stronger, be accurate, leave citations as it is, and include the most important information, while preserving the original meaning and intent of the text. Provide the improved version in English. [General Prompt for Revising Academic Writing]Assume the role of an academic editor..

https://pathwaytools.blogspot.com/2016/06/bulk-updates-to-your-pgdb.html Bulk Updates to Your PGDBOne question that we frequently receive is about how to apply bulk updates to a PGDB. This kind of situation can come about for several reas...pathwaytools.blogspot.com참고로 위 블로그 내용은 하나도 도움되지 않는다. 어떻게 해도 spread sheet form 으로 export & import 하면 100% 꼬임!! 절대 시도하지 말것. 1. Smart Table 만들기여러 Reaction을 하나하나..
하나의 phylogenetic tree를 쪼개서 subtree 116개가 나왔는데 각 subtree의 시퀀스 개수는 평균 427.65 이다. 이것의 분산을 나타낼때 모집단의 표준편차를 사용해야할까 표본집단의 표준편차를 사용해야할까? 이 경우에는 모집단의 표준편차를 사용하는 것이 적절합니다. 이유는 다음과 같습니다:모집단과 표본집단의 정의:모집단: 연구 대상 전체를 말합니다. 이 경우에는 전체 116개의 subtree가 모집단입니다.표본집단: 모집단에서 추출한 일부를 의미합니다.연구 목적:당신이 이미 모든 subtree (총 116개)에 대한 시퀀스 개수를 알고 있고, 이들이 전체 연구 대상(즉, 모집단)입니다. 따라서, 이 데이터는 특정 모집단에 대한 완전한 정보입니다.표본편차와 모집단편차의 차이:표본편..
https://syj9700.tistory.com/6 다중검정(multiple testing)의 문제 Note) 다중 비교(Multiple comparison), 다중 검정(Multiple testing), 사후 분석(Post-Hoc)이 같은 의미로 통용되고 있지만, 사실 이는 같은 것이 아니다 ! 1. 다중 검정 다중 검정은 여러 개의 가설검정을 동시에 syj9700.tistory.com
https://blog.naver.com/jinp7/222358154129 WGCNA 개요 WGCNA는 꽤 오래전에 나온 패키지고 아직도 많이 사용되는듯 하다. Co-expression network reconstru... blog.naver.com
Linux system에서 설치는 아래 블로그 참고 1000genome 데이터 다운 받는 법 with Aspera(ascp), Linux 1. linux용 IBM aspera connect 설치 https://www.ibm.com/aspera/connect/ 에 방문한 뒤 cd ~ wget https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/downloads/connect/latest/bin/ibm-aspera-connect_4.1.0.46_linux.tar.gz tar -xvf ibm-aspera-connect_4.1.0.46_linux.sh. bioinfo-bme.tistory.com 설치 후 아래 코드 실행 for ((i=0; i